L'experte fiscale TVA notera ses constatations et les discutera avec vous. Selon le genre et l'importance des recherches et les documents mis à sa disposition, l'experte fiscale TVA aura besoin de votre concours. Votre collaboration sera de surcroît nécessaire en cas d'absence d'enregistrements ou si vos récapitulatifs et/ou vos documents de calcul ne conduisent pas à un résultat correct.
L'experte fiscale TVA ne visualisera pas chaque quittance et chaque facture des périodes contrôlées. L’examen détaillé des documents sera généralement limité à une période représentative qui englobera normalement une année, ou - selon la taille de l'entreprise - portera par exemple seulement sur un mois. Par la suite, l'experte fiscale TVA procédera à une extrapolation du résultat obtenu, c'est-à-dire que la proportion des différences constatées dans la période analysée sera appliquée à la totalité des périodes contrôlées. Le choix de la base de calcul qui servira pour cette extrapolation dépendra du genre des différences constatées ainsi que d'autres facteurs comme par exemple la taille de l'entreprise et la composition du chiffre d'affaires.
Au terme du contrôle, l'experte fiscale TVA discutera avec vous les différences constatées. Elle vous remettra le résultat du contrôle avec les annexes correspondantes d'où ressortent les détails de chaque position corrigée. En cas de correction de l’impôt en faveur de l'AFC, un bulletin de versement est remis sur demande. Les positions non contestées peuvent être payées sans délai. Cela aura pour effet de minimiser les intérêts moratoires dus à partir de l'échéance moyenne.
Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours qui suivent l’annonce écrite (voir le chapitre « Comment est fixé un rendez-vous pour un contrôle ? ») par une notification d’estimation. Cette notification d’estimation fixe la créance fiscale pour les périodes contrôlées. Une fois le contrôle terminé, elle sera envoyée par pli postal avec les instructions et les recommandations écrites pour l’avenir.
Remarque : La notification d’estimation et les périodes fiscales contrôlées entrent en force par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve (art. 43, al. 1, let. b, LTVA).
En adoptant cette manière de procéder, le législateur satisfait à la sécurité juridique requise.
Lorsque le contrôle n’entraîne aucune correction de l’impôt ou se solde par une correction de l’impôt en votre faveur, seule une reconnaissance écrite peut garantir la sécurité juridique. Sans une telle reconnaissance, vous avez encore la possibilité de revenir sur les périodes fiscales contrôlées pendant deux ans. Il en est de même pour l’AFC.
Si vous n’êtes pas d’accord avec la notification d’estimation, vous pouvez demander à l’AFC de rendre une décision (art. 82 LTVA).